Foldit让全世界的玩家比赛设计蛋白质,而科学家们则可以研究玩家设计的蛋白质,看看是否能运用到新药中。
该程序让用户在工具辅助解谜,就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动,一个"分数"会根据折迭的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组,分享各自的方案。也有小组高分榜。
生物制造主要蛋白质结构的方式(蛋白质生物合成)在理性上已经为人类所了解,此即蛋白质DNA 测序的方法。决定蛋白质主要结构转化为功能性三围结构(蛋白质分子如何“折迭”)是更为困难的;虽然大致的程序已经为人所知,但蛋白质结构预测还是需要大量的计算。
Foldit尝试利用人脑天生的三维pattern matching能力。目前该程序出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质;通过分析人类在解这些谜题时的直觉思考途径,研究者希望能改进现有蛋白质折迭软件所用的算法。
开发者Popovic说,“我们的目标是让任何人都能操作,即使他们根本不了解生物化学或蛋白质折迭”。
目前,这个游戏只能使用那些三维结构已被研究人员解决的蛋白质。
但Popovic说,“不久之后会引入我们还不知道解决之法的蛋白质”。
Foldit是结合众包与分布式计算所得的成果。
这是典型的生物化学,我想学生化的同学看到这个后一定会有所感觉,这就是蛋白质的2级结构以及超二级结构元件在空间构建成的总三维结构,包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系和侧链在三维结构中彼此间的相互关系。蛋白质的2级结构,蛋白质多肽链折叠的规则方式,常见的结构元件,比如什么阿尔法螺旋,贝塔折叠片,贝塔转角,无规则卷曲等等,超二级结构就是若干个二级结构元件彼此相互作用形成种类不多的,有规则的二级结构组合。
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